O enredo de Killzone 3 tem início justamente de onde o segundo episódio terminou, com o ditador Helghast Visari morrendo pelas mãos dos soldados Sev e Rico, e com uma bomba atômica detonada em Phyruss que dizimou as forças ISA.

Uma das novidades em relação às versões anteriores se refere ao ambiente gelado, que deve tomar boa parte do jogo. A neve oferece uma estrutura diferente ao que vimos em Killzone 2, fazendo com que muitos detalhes sejam substituídos por um manto branco. No entanto, o efeito do vento transportando a neve aumenta a sensação de frio em ambientes abertos.

O sistema de combate aumenta a dose de variedade e quando estivermos próximos de um inimigo podemos efetuar um ataque corpo a corpo, variando o efeito de acordo com a posição do inimigo. Esse sistema é bem eficaz quando estivermos sem nenhum tipo de munição.

Outra novidade é em relação ao Jet Pack, um aparelho que nos permite voar por um período de tempo e efetuar um pequeno boost pressionando no botão X. Não confundam o Jet Pack com um veículo, pois ele não fará grandes trajetos. Sua principal função no jogo é realizar saltos à longa distância.

Por fim, podemos falar também sobre a nova arma do jogo, a WASP, um múltiplo lança-mísseis, que equivale a um verdadeiro exército. É uma arma muito poderosa e devastadora, lançando diversos mísseis teleguiados ao mesmo tempo.